与大型企业相比，中小企业资金少、人才缺乏、信息封闭、管理相对落后，这成为中小企业文化创新的主要障碍。如何越过这些障碍，如何确定破除这些障碍的途径，首先需要明确阻碍中小企业文化创新的主要因素。
一是顶部创新障碍。中小企业多为家族企业，企业领导综合素质的缺乏极大地影响了中小企业文化的健康规范发展，领导层缺乏远见的观念与态度会直接演变为影响企业文化创新的障碍。不少中小企业主认为创新活动与高层领导没有太大关系，事实上，高层管理者或许并非内行的创新者，但他们可以激励创新、支持创新成果。因此，如果高层管理者不期望创新，那么技术创新就不易发生。对企业传统文化的创新首先就要改变企业家的思想和观念，这种观念的改变往往受企业高层管理者对创新所持有的态度的影响。不期望创新、不支持创新的态度是很难将企业文化创新举措由上而下贯彻到企业的各级管理层和基层员工身上的。
二是机制障碍。从内部来看，若企业实施内部研发为基础的创新活动，企业发展会保持良好的持续效果。但只有极少数拥有“年轻血液”的高科技中小企业能做到这点，大部分中小企业仅仅依靠一个人或几个人的力量来创新，企业内部没有创新机制以扶持创新活动。从外部来看，中小企业虽然拥有天生的创新动力，但是这些企业在发展初期，缺乏合适的工具和种子资金以应付庞大的研发风险，而且也没有有效的投资评估手段，从传统的融资渠道难以获得发展所需资金。缺乏创新机制会直接导致企业创新能力的不足，创新产品匮乏，创新文化更是无从谈起。
三是缺乏创新精神。在中小企业中，创新的障碍很可能来自“惩罚失败”造成的缺乏创新精神。企业经营过程中多少都会有失败的现象发生，企业的做法通常都是去“惩罚失败”。很多中小企业主认为创新是一种内在危险，并因此害怕创新失败。“惩罚失败”的举措导致创新没有动力和来源。由于长期以来我国中小企业受计划经济的影响，造成这些企业在思想、观念和行动上缺乏灵活变通性，也缺少创新的思维。再加上。很多企业领导迫于外部环境的压力，在文化理念层面和体制层面缺乏勇于开拓进取的精神和大胆创新实践的精神，这极大地影响了广大员工的积极性和创造性。
四是对企业文化的认识障碍。我国中小企业对企业文化建设的认识普遍存在着两个误区：一是把企业文化等同于文体活动，二是把企业文化等同于企业形象塑造。因此，所谓的“企业文化”，只是改变了员工的业余活动或企业形象这些表面的文化形式；这一方面的工作更多地只是摆在日常主要工作之外，或者只有在企业经营业务不繁忙的时候才会想到。从长远的角度看，这样的企业文化创新无法维持一个真正有利的组织文化。陈旧的企业文化观形成了创新不能持续的重要原因。创新的关键是长期成功，因此企业要集中力量进行文化创新，要明确认识到，建设一个可持续发展的企业文化对中小企业的发展至关重要。
把文化创新观念转化成实际的工作内容，这对于中小企业是比较困难的，至于跨越创新障碍，就更是困难了。但是中小企业若是有创新的打算，不妨先将创新行动付诸实践，一步步往前走。
制定创新评估体系。我国的中小企业很少有使用一致的度量来衡量创新成果的，因此也就不可能真正衡量创新会带来多少产出。为了衡量创新实现的价值，中小企业必须首先建立有意义而不是形同虚设的创新评估体系，只有建立了合理的评估体系，对文化创新的各个要素采用一定的评估措施，才能有效地推动创新机制的发展，否则文化创新只能是纸上谈兵。
奖励创新。促进竞争在创新政策中是一个特别重要的因素，中小企业应该重视奖励创新，以此来促进竞争，使企业的新产品和服务能够在竞争激烈的市场中时刻处于领先地位。奖励作为一种正向的强化措施，在企业的人力资源管理中从来都是一种重要途径。对那些敢于提出创新构想的员工应该给予嘉奖，只有这样，才能将员工的目光吸引到创新机制上来。奖励有创新成就的员工，让员工的创新思想通过各种交流活动扩散到全体员工中去。通过这样的办法，营造创新环境，鼓励大家共同努力、一起创新。要让每个员工都能够切实感受到创新所带来的好处，从而激励更多的员工参与创新。唯其如此，才能促使企业创新机制的建立和完善，促使企业走上可持续发展的道路。
创建协作的创新文化。只有很少的中小企业有足够广泛的涵盖产品技术和市场的创新能力，绝大部分中小企业都离不开商业合伙人的协助。如果一个中小企业和商业合伙人同意建立伙伴关系，一起围绕新产品或服务进行创新，也许会很轻松地得到一些来自业务发展、法律事务或投资方面的帮助。比如，面对国际竞争日益激烈的外部环境，中小企业可以通过寻找合适的网络开发商并与其合作，利用互联网的网站资源进行对外融资以实现完全意义上的市场创新，来达到保持持续的创新能力、提高国际竞争能力的目的。与人合伙建立协调工作关系经常会使一些中小企业得到很多有价值的帮助。因此，正确对待创新之间的业务和合作伙伴关系，建立协作的创新文化显然是一个需要特别关注的趋势。
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